細(xì)菌除直接使用本身的代謝活動(dòng)降解有機(jī)污染物外，還能以環(huán)境中有機(jī)質(zhì)為首要營養(yǎng)源，對大多數(shù)有機(jī)污染物中止降解，如多種細(xì)菌可使用植物根排泄的酚醛樹脂如兒茶素和香豆素中止降解多氯聯(lián)苯PCBs的共代謝，也可以降解2,4-D.細(xì)菌對低分子量或低環(huán)有機(jī)污染物如多環(huán)芳烴PAHs（二環(huán)或三環(huán)的）的降解。

    常將有機(jī)物作為獨(dú)一的碳源和動(dòng)力中止礦化，而關(guān)于高分子量的和多環(huán)的有機(jī)污染物多環(huán)芳烴PAHs（三環(huán)以上的）、氯代芳香化合物、氯酚類物質(zhì)、多氯聯(lián)苯（PCBs）、二惡英及部分石油烴等則采納共代謝的方法降解。這些污染物有時(shí)可被一種細(xì)菌降解，但多數(shù)狀況是由多種細(xì)菌一起參加的結(jié)合降解效果。

    菌根真菌在促進(jìn)植物根對有機(jī)污染物吸收的同時(shí)，也對根際圈內(nèi)大多數(shù)有機(jī)污染物特別是耐久性有機(jī)污染物（POPs）起到不同水平地降解和礦化效果，其降解的水平取決于真菌的品種、有機(jī)污染物類型、根際圈物理和化學(xué)環(huán)境條件及微生物群系間的相互效果。研討標(biāo)明，許多外生菌根真菌對許多POPs可以部分降解。