地球上有三大生態(tài)系統(tǒng)：濕地、森林和海洋，其中兩個(gè)是水生態(tài)系統(tǒng)，可見水生態(tài)系統(tǒng)對(duì)于地球和人類的重要性。水及水域不僅是生命之源、生產(chǎn)之要、生態(tài)之基，也是人類精神之托、靈感之源和人類社會(huì)產(chǎn)生之地。

    由于我國(guó)正處在工業(yè)化、城鎮(zhèn)化發(fā)展階段，相對(duì)多的流域存在對(duì)水資源的過度開發(fā)，而水資源保護(hù)沒有同步落實(shí)，水污染及水生態(tài)系統(tǒng)功能退化現(xiàn)象普遍存在，現(xiàn)在和未來(lái)水生態(tài)系統(tǒng)保護(hù)與修復(fù)任重道遠(yuǎn)。

    水生態(tài)系統(tǒng)的定義水生態(tài)系統(tǒng)一般定義為：水生物群落與其所在環(huán)境相互作用的自然系統(tǒng)，一般由無(wú)機(jī)環(huán)境、生物的生產(chǎn)者（如藻類、水草、岸坡植物）、消費(fèi)者（草食動(dòng)物和肉食動(dòng)物）以及分解者（腐生微生物）等四部分組成。

    無(wú)機(jī)環(huán)境是水生態(tài)系統(tǒng)的非生物組成部分，包含陽(yáng)光、氧氣以及其它所有構(gòu)成生態(tài)系統(tǒng)基礎(chǔ)的物質(zhì)和條件，如水、無(wú)機(jī)鹽、底質(zhì)（土壤、巖石）、空氣、棲息地、氣候和水文過程等。無(wú)機(jī)環(huán)境是水生態(tài)系統(tǒng)的基礎(chǔ)，其條件的好壞直接決定水生態(tài)系統(tǒng)的復(fù)雜程度和生物群落的豐富度。